于田县历史古老，西汉时期是西域三十六国之一的扜弥国，是丝绸之路南道入口和佛教初传之地，也是兵力最盛的绿洲古国。东汉时已衰落，后来被于阗国所并，其后其历史一直是个谜。世界上许多历史考古学家对它进行研究，学术界有不同的看法，终因没有实物证据，难以令人信服。1884年清朝末年建立县治，保留于阗国名而称于阗县，1959年10月因简化汉字，经国务院批准改为于田县，维吾尔语称谓克里雅，由克里雅河名而来，即飘移不定之意。目前，克里雅河两岸直至沙漠腹地分散众多古代遗址，一万多年前的古代人类活动痕迹仍然保留至今，如考古学家斯坦因挖掘过的喀垃墩、丹丹乌依勒克等遗址。改革开放后瑞典、美国、英国、日本等国外旅游团体纷纷拥进沙漠腹地观光二千年前古代人类活动环境。